一、常規的再生處理
離子交換樹脂使用一段時間后，吸附的雜質接近飽和狀態，就要進行再生處理，用化學藥劑將樹脂所吸附的離子和其他雜質洗脫除去，使之恢復原來的組成和性能。在實際運用中，為降低再生費用，要適當控制再生劑用量，使樹脂的性能恢復到最經濟合理的再生水平，通常控制性能恢復程度為70～80%。如果要達到更高的再生水平，則再生劑量要大量增加，再生劑的利用率則下降。
樹脂的再生應當根據樹脂的種類、特性，以及運行的經濟性，選擇適當的再生藥劑和工作條件。
樹脂的再生特性與它的類型和結構有密切關系。強酸性和強堿性樹脂的再生比較困難，需用再生劑量比理論值高相當多；而弱酸性或弱堿性樹脂則較易再生，所用再生劑量只需稍多于理論值。此外，大孔型和交聯度低的樹脂較易再生，而凝膠型和交聯度高的樹脂則要較長的再生反應時間。
再生劑的種類應根據樹脂的離子類型來選用，并適當地選擇價格較低的酸、堿或鹽。例如：鈉型強酸性陽樹脂可用10%NaCl 溶液再生，用藥量為其交換容量的2倍 (用NaCl量為117g/ l 樹脂)；氫型強酸性樹脂用強酸再生，用硫酸時要防止被樹脂吸附的鈣與硫酸反應生成硫酸鈣沉淀物。為此，宜先通入1～2%的稀硫酸再生。
氯型強堿性樹脂，主要以NaCl 溶液來再生，但加入少量堿有助于將樹脂吸附的色素和有機物溶解洗出，故通常使用含10%NaCl + 0.2%NaOH 的堿鹽液再生，常規用量為每升樹脂用150～200g NaCl ，及3～4g NaOH。OH型強堿陰樹脂則用4%NaOH溶液再生。
樹脂再生時的化學反應是樹脂原先的交換吸附的逆反應。按化學反應平衡原理，提高化學反應某一方物質的濃度，可促進反應向另一方進行，故提高再生液濃度可加速再生反應，并達到較高的再生水平。
為加速再生化學反應，通常先將再生液加熱至70～80℃。它通過樹脂的流速一般為1～2 BV/h。也可采用先快后慢的方法，以充分發揮再生劑的效能。再生時間約為一小時。隨后用軟水順流沖洗樹脂約一小時(水量約4BV)，待洗水排清之后，再用水反洗，至洗出液無色、無混濁為止。
一些樹脂在再生和反洗之后，要調校pH值。因為再生液常含有堿，樹脂再生后即使經水洗，也常帶堿性。而一些脫色樹脂 (特別是弱堿性樹脂) 宜在微酸性下工作。此時可通入稀鹽酸，使樹脂 pH值下降至６左右，再用水正洗，反洗各一次。
樹脂在使用較長時間后，由于它所吸附的一部分雜質(特別是大分子有機膠體物質)不易被常規的再生處理所洗脫，逐漸積累而將樹脂污染，使樹脂效能降低。此時要用特殊的方法處理。例如：陽離子樹脂受含氮的兩性化合物污染，可用4%NaOH 溶液處理，將它溶解而排掉；陰離子樹脂受有機物污染，可提高堿鹽溶液中的NaOH 濃度至0.5～1.0%，以溶解有機物。
二、特殊的再生處理
污染較嚴重的樹脂，可用酸或堿性食鹽溶液反復處理，如先用10%NaCl +1%NaOH堿鹽溶液溶解有機物，再用4%HCl 或分別用10%NaOH 及1%HCl 溶解無機物，隨后再用10%NaCl +1%NaOH處理，在約70℃下進行。
如果上述處理的效果未達要求，可用氧化法處理。即用水洗滌樹脂后，通入濃度為0.5%的次氯酸鈉溶液，控制流速2～4BV/h，通過量10～20BV，隨即用水洗滌，再用鹽水處理。應當注意，氧化處理可能將樹脂結構中的大分子的連接鍵氧化，造成樹脂的降解，膨脹度增大，容易碎裂，故不宜常用。通常使用50周期后才進行一次氧化處理。由于氯型樹脂有較強的耐氧化性，故樹脂在氧化處理前應用鹽水處理，變為氯型，這還可避免處理過程中的pH值變化，并使氧化作用比較穩定